César Milani fue parte del Batallón 601 que realizaba tareas de inteligencia durante la última dictadura militar. Así lo confirma la revista Veintitrés en un dossier que publicó hace algunos años con el listado completo de los nombres de los integrantes de ese polémico grupo entre 1976 y 1983.
Aunque desde se niegue que el flamante jefe del Ejército, quien se presentó espontáneamente en Justicia de La Rioja para aclarar su situación, haya sido oficial de inteligencia del 601, el Teniente César Santos Milani aparece en la segunda página del dossier de la revista
Ese archivo se confronta desmiente al senador K Aníbal Fernández, quien sostuvo que las denuncias contra el militar no tenía «sustancia» y eran productos de «comidillas típicas de la politiquería, previas a las elecciones».